Родился в селе Лохте, Тотемского уезда, Вологодской епархии в семье священника Лохотской Происхожденской церкви.

Из Вологодской семинарии. 10-й магистр XXIV курса (1860-1864). В 1867 возведен в степень магистра богословия за работу: «О видах т.н. частного попечения пастырей о душах пасомых и о важности оного в кругу пастырской деятельности». По окончании Академии преподавал в Вологодской и Ярославской семинариях. После назначения в 1882 архиепископа Амвросия (Ключарева) в Харьков, принял его предложение и в 1883 был назначен ректором Харьковской семинарии, принял священство и возведен в сан протоиерея. Спустя год он, помимо ректорства, был председателем Харьковского епархиального училищного совета и ответственным редактором богословско-философского журнала «Вера и Разум». В 1888 он овдовел. В 1893 совершилось его пострижение с тем же именем Иоанн, и возведение в сан архимандрита. В 1893 хиротонисан во епископа Сумского, викария Харьковской епархии. В 1895 переведен епископом Елисаветградским, викарием той же епархии. А в 1895 перемещен епископом Нарвским, викарием Санкт-Петербургской епархии и назначен ректором Санкт-Петербургской Духовной Академии. В 1899 назначен епископом Саратовским и Царицынским, с кафедры епископской уволен в 1903 и стал управляющим Ставропигиальным Симоновым монастырем в Москве. Погребен в склепе зимнего храма Симонова монастыря.