Жемчужиной среди археологических памятников Кубани и всей России является столица Азиатского Боспора – Фанагория. Это античный город, который был расположен на берегу Таманского залива, между современными поселками Сенной и Приморский Темрюкского района. Город просуществовал более полутора тысяч лет. Он был окружен мощными крепостными стенами и застроен большими общественными зданиями, на площадях находились храмы и фонтаны, стояли мраморные статуи, а фанагорийцы жили в комфортабельных и красивых домах.
Несмотря на то, что научное исследование Фанагории продолжается уже 80 лет, до сегодняшнего дня городище остается малоизученным. Причины этого заключаются в его огромных размерах, мощности культурных слоев.
Археологическое изучение Фанагории началось в самом конце XVIII в. и продолжается по сей день. В настоящее время исследования осуществляет Фанагорийская экспедиция ИА РАН под руководством В.Д. Кузнецова. Работы ведутся по нескольким направлениям — раскопки на территории города, его некрополя, в акватории затопленной части памятника, а также исследования на сельской территории Фанагорийского полиса.
На сегодняшний день исследована архитектура и урбанистика древнего города в период с 6 века до н.э. до 10 века н.э. Открыты древнейшие в России древнегреческие оборонительные сооружения, разрушенные в 480 году до н.э. в результате персидского вторжения, найдена единственная за пределами Ирана клинописная царская надпись (Ксеркса), что заново открывает историю народов Юга России и всего Причерноморья в 5 веке до н.э. Обнаружен большой дворцовый комплекс царя Митридата VI Евпатора, который в 2009 году был включен в число 10 археологических открытий мирового значения.
Обнаружены предметы, свидетельствующие о существовании христианской общины, как минимум, в начале 6 века (мраморные купель и алтарный стол, кресты и т.д.). Составлена детальная батиметрическая карта затопленной части города, а также карта аномалий, соответствующих различным объектам. Проведены раскопки уникального причального сооружения 3–4 веков, построенного из дубовых брусьев и камней, извлеченных из ранних построек: надгробий (среди них – постамент с эпитафией жены Митридата VI, Гипсикратии), плит с надписями, обломков скульптуры. Обнаружен военный корабль с бронзовым тараном, сожженный у берегов Фанагории во время восстания 63 году до н.э. Исследованы сотни древних погребений некрополя и 6 курганов.
Установлено, что город прекратил свое существование в результате вражеского нападения: непогребенные тела его жителей со следами насильственной смерти обнаружены среди остатков домов, датируемых началом 10 века.
Итоги научных исследований опубликованы в специальном издании «Фанагория. Результаты археологических исследований» (тома 1–7) и в других научных изданиях, в том числе в Германии (3 тома). Опубликован художественный альбом «Фанагория».