«Суд Синедриона» входил в поздний «страстной цикл» художника. Картина была запрещена к экспозиции президентом Императорской академии художеств великим князем Владимиром Александровичем, и Ге увез ее в свое имение. После кончины художника его сын переправил две последние работы отца, в том числе «Суд Синедриона», Льву Толстому в Ясную Поляну. Снятые с подрамника полотна были обернуты в газетную бумагу, и типографский шрифт отпечатался на картинах. Дочь Толстого Татьяна Сухотина-Толстая сумела только частично удались фрагменты газеты из полотна. В 1897 году "«Суд Синедриона» был передан в дар Третьяковской галерее, годом позже он был на время помещен в экспозицию, а затем перенесен в запасники.
Реставрация картины в новейшее время потребовала многих лет. Итоги работы, в том числе рентгенограммы и макрофотографии, будут показаны вместе с полотном на выставке в Третьяковке.