Еще в средние века Оломоуц являлся важным центром культуры и образования. История высшей школы в Оломоуце начинается с 1566 года, когда здесь была открыта иезуитская коллегия. В 1573 году коллегия получила статус университета. После Пражского Карлова университета Оломоуцкий университет является самым древним на территории современной Чешской республики. Университет оказал значительное влияние на развитие науки не только в Моравии и Силезии, но и в Австрии, Германии, Польше, Скандинавии.

В 1773 году после упразднения Ордена иезуитов университет секуляризован и подчинен государству. После того как профессора и студенты университета приняли участие в рефолюционном движении 1848 года, университет попал в немилость австрийских властей и в 1860 году был закрыт. Избежал ликвидации лишь богословский факультет, действовавший отныне как самостоятельное учебное заведение. Также сохранилась университетская библиотека как самостоятельное книжное собрание.

Университет был возрожден 21 февраля 1946 года и получил имя известного чешского историка и политического деятеля Франтишка Палацкого.

Ныне в составе университета восемь факультетов: Кирилломефодиевский теологический факультет, медицинский факультет, философский факультет, факультет естественных наук, факультет физкультуры, юридический факультет и факультет наук о здоровье.

В университете обучается более двадцати тысяч студентов и трудится более двух с половиной тысяч сотрудников.