Исследователь учился в Сорбонне, где его учителем был выдающийся византинист Поль Лемерль, позже стал стипендиатом фонда Тьера. Лемерль же предложил молодому Ж. Лефору, до этого занимавшегося византийской литературой, начать работать над изданием документов афонских монастырей.
Обширная фототека святогорских актов имелась в распоряжении французских византинистов благодаря научным поездкам на Афон и работе в монастырских архивах, которую продолжил и Ж. Лефор. Таким образом, только начав свою научную деятельность, Жак Лефор сразу принял непосредственное участие в подготовке к печати монастырских актов Эсфигменского монастыря (изданных им в 1973 г.), а позже - четырех томов актов Иверского монастыря (1985-1995) и трех томов документов Ватопеда (последний том в настоящее время находится в печати).
В 1989 г. он стал преемником своего учителя, долгое время возглавлявшего проект публикации основанной Г. Милле и П. Лемерлем серии «Архивов Афона» (Archives de l'Athos), заняв должность руководителя лаборатории по изданию афонских документов и осуществляя редактирование всех вышедших с этого времени томов (с 16 по 22).
Невозможно переоценить значение и качество дипломатической и палеографической подготовки Ж. Лефором и его сотрудниками текстов документов, осуществляемой ими кропотливой работы над их терминологией, изучением исторического ландшафта Афона и области византийской Македонии, просопографии, уточнения истории святогорских монастырей. Французский проект«Архивы Афона», в котором принимают участие также ученые целого ряда европейских стран, в течение тех лет, когда его возглавлял Жак Лефор, превратился в одно из важнейших направлений в современном византиноведении.
На протяжении долгого времени исследователь руководил также специализированными семинарами по византийской экономике в Практической школе высших исследований (IV секция) в Париже, результатами которых становились его собственные публикации, а также работы его учеников и коллег.
Ученым были подготовлены многочисленные статьи, в которых исследовалось византийское землевладение и налоговая система, топография и топонимия, демография и антропонимия.
Афонские документы всегда являлись для Ж. Лефора основными источниками, позволяющими делать новые важные наблюдения и выводы об истории византийского общества и государства. В числе других работ им были опубликованы книги «Сельские поселения Македонии. Исторические и топографические заметки о Восточной Македонии в средние века. 1. Западная Халкидика» (Париж, 1982), «Сельское общество и история ландшафта в Византии» (Париж, 2006), «Византийская фискальная геометрия» (Париж, 1991, в соавторстве с Р. Бонду, Ж.-Кл. Шене, Ж.-П. Грелуа, В. Кравари), текст агрономического трактата «Геопоники» (Париж, 2012, в соавторстве с Ж.-П. Грелуа).
В течение долгого времени Ж. Лефор занимался также исследованием другой области Византийской империи, известной знаменитыми центрами монашеской жизни – Вифинии. Ряд предпринятых им и его сотрудниками и коллегами научных экспедиций, тщательная работа над текстами источников позволили сделать ряд публикаций, касающихся истории и этого региона. Публикации, касающиеся грузинского присутствия на Святой Горе, были высоко оценены в Грузии, где Ж. Лефор был избран иностранным членом Академии наук.
В написанном самим Ж. Лефором кратком биографическом очерке, предпосланном итоговому сборнику его статей, исследователь, характеризуя свои методы работы и свою позицию как историка, обозначил себя «позитивистом». Действительно, начиная уже с самых первых статей Ж. Лефор предпочитал заниматься конкретными сюжетами, историей экономики и материальной культуры в целом, искать все более точные методы их исследования (в том числе математические).
Именно подготовка к изданию документов Афона и работа с ними позволила ему, как он сам писал, «практиковать успешный позитивизм», выверяя тексты, уточняя термины, описывая особенности составления кадастровых описей, выявляя расположение монастырских строений и подворий, определяя, таким образом, в первую очередь, специфику материального бытия святогорского монашества. Нельзя не признать, однако, что труды Ж. Лефора по исследованию Афона, подготовленные им фундаментальные издания афонских документов вносят неоценимый вклад и в историю духовной жизни на Святой Горе.
Жак Лефор похоронен 28 августа в Лаллерья, в области Юра, откуда был родом.