В 1934 он лишился кафедры из-за своего отказа принести присягу на верность Гитлеру, обязательную для государственных служащих. В том же году Барт участвовал в создании т.н. Исповедующей церкви (Bekennende Kirche). В нее вошли те члены евангелических церквей Германии, которые не приняли нацистский режим. На первом синоде этой церкви (в Бармене, районе Вупперталя) Барт подготовил проект теологической декларации, где подтверждалась несовместимость веры в Иисуса Христа, как Слова Бога и главы церкви, с подчинением земным вождям, которые стремятся ограничить свободу церкви и вмешиваются в дела веры. В 1935 Барт возвратился в Швейцарию, где стал профессором теологии Базельского университета. В 1956 он удалился на покой. Умер Барт в Базеле 10 декабря 1968.