По замыслу властей, ОМДС должно было стать высшим судебным органом, фискальным (взимание с мусульман сборов и налогов), духовным (ведение метрических книг, регистрация браков и разводов), а также занималось благотворительностью, осуществлением контроля за деятельностью приходского духовенства и мусульманских общественных организаций, распространением распоряжений органов гражданской власти среди мусульманского населения империи.
Через ОМДС правительство контролировало увеличивающийся контингент татарского университета в 1830 – 1840е г.г. Муллы и другие духовные лица, проходившие испытания в Уфе и утверждавшиеся Собранием и губернскими властями, стали новой религиозной структурой в казахской среде и верными слугами российского двора. Многие из них были командированы к казахским ханам и султанам с целью решения внутренних междоусобиц, просвещения и ведения метрических данных, а также становились их советниками и информаторами правительства. Татарские муллы, по мнению капитана Гвардейского генерального штаба Е.К.Мейндорфа, должны были иметь “достаточно влияния над ханом для того, чтобы орда управлялась так, как хочет Россия” (с. 147).
С деятельностью ОМДС в Казахстане связана кампания правительства по распространению ислама среди кочевников. Ислам не рассматривался как идеологическая угроза, а выступал средством реализации некоторых политических соображений.
Многие решения ЛМДС не носили самостоятельного характера. Собрание лишь рекомендовало то или иное лицо на занятие духовной должности. Постановление об утверждении выносило губернское начальство. С 1803 г. ОМДС опекал обер-прокурор Святейшего синода князь А.И.Голицын, затем – Главное управление духовных дел иностранных исповеданий (1810), с 1832 года – комитет при Министерстве Внутренних Дел. ОМДС было вовлечено во внешнеполитическую деятельность Российской империи, играло роль дипломатического учреждения во взаимоотношениях с казахами. В 1868 г. казахи были выведены из-под юрисдикции ОМДС. Согласно мнению Комитета министров, это было сделано “в видах политических с целью возможного ослабления мусульманской пропаганды и разрыва духовной связи магометан, проживающих внутри империи, с кочевым киргизским населением, где магометанство находится в то время в слабом развитии” (с. 149).
Поворот в конфессиональной политике во второй половине XIX века объясняется желанием правительства устранить влияние татарского духовенства на местное население. Прежние услуги татарских мулл, когда они знакомили казахский народ с российской идеологией, государственной системой управления, грамотой, уже были не столь востребованы. В 1860 – 1890е гг. самодержавие ставило иную задачу: проведение административной унификации региона. Поэтому распространение ислама всячески сдерживается, а активизируется миссионерская деятельность, принимается законодательство, стимулирующее переход в христианство, и т.п.
В конце XVIII – первой половине XIХ века ОМДС по своей компетенции стало универсальным для Казахстана общественным институтом, занимаясь решением целого ряда дел как светского, так и духовного характера.