Озабоченность вызвало решение Административного трибунала, который 10 июля 2008 года постановил признать недействительным акт Муниципального совета Бари о передаче Никольского подворья в собственность Российской Федерации. Причиной такого решения было названо нарушение установленной законодательством Италии правовой процедуры.
Однако 15 июля на вечернем заседании Муниципальный совет города Бари большинством голосов повторно принял акт о передаче Никольского подворья, при этом были учтены все необходимые процедурные вопросы.
Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II высказал удовлетворение данным решением.
Со своей стороны Президент Итальянской Республики также выразил удовлетворение в связи с решением данного вопроса о передаче Подворья, что, по его мнению, явилось «и подарком города Бари, и свидетельством открытости Италии».
С принятием Муниципальным актом Акта о передаче Никольского подворья собственником последнего стало Итальянское государство и автоматически, согласно принятому в апреле сего года соответствующему закону Италии, в права собственника вступила Российская Федерация.
Данная тема обсуждалась в этот день и на переговорах в Кремле между Президентом Российской Федерации Д.А.Медведвым и Президентом Италии Джорджо Наполитано. Как сообщает пресс-служба Главы Российского государства, Д.А.Медеведев поблагодарил итальянское руководство от имени православных граждан России за безвозмездное возвращение храмового комплекса «Подворье Русской Православной Церкви» в городе Бари.
Инициатива создания храмового комплекса для русских паломников, приезжающих в Бари поклониться мощам святителя Николая, одного из самых почитаемых на Руси святых, принадлежала святой преподобномученице великой княгине Елисавете Феодоровне. Комплекс строился по проекту архитектора Щусева на пожертвования верующих, в том числе императора Николая II. Из-за Первой мировой войны и революции работы не были завершены, а в 1937 году все здания храмового комплекса вместе с землей были переданы муниципалитету города.
Часть построек в конце 1990-х годов власти Бари передали в пользование Московскому Патриархату. Но комплекс оставался в ведении муниципалитета, что затрудняло развитие паломничества и исполнение воли людей, некогда построивших этот храм.