Тема защищавшейся докторской диссертации «Кодификация канонического права в период раннего Средневековья» представляет собой смежную тему целой совокупности научных дисциплин медиевистики и византологии, церковной истории и канонического права. Защите предшествовало написание А.Ю. Митрофановым двух монографий «История церковных соборов в Италии (IV-V вв.)» М., 2006, удостоенной в 2007 г. премии митрополита Макария (Булгакова), и «Церковное право и его кодификация в период раннего Средневековья (IV-XI в.)» М., 2010, в которых церковно-историческая и каноническая проблематика иследовалась в контексте достижений современных гуманитарных наук .
В качестве официальных оппонентов и рецензентов на защите выступали такие авторитетные российские ученые, как член-корреспондент РАН, главный научный сотрудник Санкт-Петербургского института истории РАН, доктор исторических наук И.П. Медведев; заведующая кафедрой истории средних веков, исторического факультета СПбГУ, профессор, доктор исторических наук Г.Е. Лебедева; заведующий кафедрой древнего мира и средних веков Уральского федерального университета имени первого Президента России Б.Н. Ельцина, профессор, доктор исторических наук С.В.Степаненко; главный научный сотрудник ИРЛИ РАН, доктор филологических наук, Г.М. Прохоров; заведующий кафедрой истории Церкви исторического факультета МГУ, доктор экономических наук игумен Филипп (Симонов) и еще пять докторов наук.
В оживленной, порой острой, но в целом очень доброжелательной дискуссии, в которой диссертанту требовалось не только представить основные положения своей диссертации, но и ответить на вопросы и замечания, высказанные как его оппонентами и рецензентами, так и всеми присутствующими на заседании диссертационного совета, участвовали ведущий научный сотрудник Санкт-Петербургского института истории РАН, доктор исторических наук Е.К. Пиотровская, преподаватель Санкт-Петербургской православной духовной академии, кандидат исторических наук, кандидат богословия священник Константин Костромин, доцент исторического факультета СПбГУ, кандидат исторических наук А.В. Березкин, профессор СПбГУКИ, доктор исторических наук Д.Н. Альшиц, заведующий кафедрой истории России с древнейших времен исторического факультета СПбГУ, профессор, доктор исторических наук А.Ю. Дворниченко, профессор СПбГУ, доктор исторических наук С.Л.Фирсов и др.
Не смотря на весьма молодой (28 лет) возраст А.Ю. Митрофанова, члены диссертационного совета высоко оценили научно-исследовательскую деятельность, осуществляющуюся им в рамках развития церковно-исторической науки в стенах как Санкт-Петербургского государственного университета, так и Санкт-Петербургской православной духовной академии. За присвоение диссертанту ученой степени доктора исторических наук проголосовали 30 человек, и только один голос был «против».
Данная защита выразительно продемонстрировала развитие в Санкт-Петербурге реальных условий для подлинно творческого и плодотворного сотрудничества представителей светской академической науки с духовными школами Русской Православной Церкви, которое уже более двух лет осуществляется в северной столице прежде всего между историческим и филологическим факультетами СПбГУ и Санкт-Петербургским институтом истории РАН и кафедрой церковно-исторических дисциплин Санкт-Петербургской православной духовной академии.