Подготовка книги была начата в 2008 году по поручению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II, который до последних дней своей жизни уделял Православию в Эстонии особое внимание.
Святейший Патриарх Кирилл в своем выступлении на 22-м заседании наблюдательного, общественного и попечительского советов по изданию «Православной энциклопедии» 29 апреля 2010 года указал, что должен быть выпущен «строго научный труд, который призван доказать всем очевидную, но весьма энергично сегодня оспариваемую историческую истину о том, что Православие в Прибалтике ― это плод миссионерской деятельности Русской Православной Церкви», а в юрисдикции Константинопольского Патриархата Православная Церковь в Эстонии оказалась на короткое время «только по стечению трагических обстоятельств в первой половине XX века». При этом Предстоятель Русской Православной Церкви отметил, что появление иных версий истории эстонского Православия, не подтверждаемых объективным исследованием, побуждает ускорить всестороннее изучение данной темы и дать читателям возможность ознакомиться с соответствующими документами.
Выступая на презентации, прошедшей в Национальной библиотеке Эстонии, митрополит Иларион, в частности, сказал:
«Я очень рад возможности представить вниманию эстонской общественности книгу "Православие в Эстонии", изданную Церковно-научным центром "Православная энциклопедия". Книга состоит из двух томов.
Первый том ― "Исследования" ― включает сокращенную версию фундаментальной работы покойного Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II, который четверть века отдал служению на Эстонской кафедре и провел большую исследовательскую работу, собрав обширный материал по истории Православия в Эстонии от самых первых свидетельств о православных священнослужителях и храмах на эстонской земле до начала 90-х годов прошлого века. Полная версия этой работы была опубликована на русском языке в 1998 году, а на эстонском ― в 2010 году, вместе с другими материалами по истории Православия в Эстонии; в представляемом издании она дана в сокращенном варианте и дополнена обширной редакционной статьей, содержащей исторический обзор основных событий в православной церковной жизни Эстонии в XX-XXI веках. В частности, здесь говорится об эстонском церковном кризисе, связанном с печальными обстоятельствами создания на территории Эстонии параллельной православной церковной юрисдикции Константинопольского Патриархата.
История Православия в Эстонии неразрывно связана с Русской Православной Церковью. Русские священнослужители и миссионеры принесли Православие на эстонскую землю, и попечением Русской Православной Церкви совершалось дальнейшее развитие православной церковной жизни в Эстонии.
С 1472 года в Эстонии почитают мучеников Юрьевских, названных по древнему имени города Тарту. В 1817 году было учреждено Ревельское викариатство Санкт-Петербургской епархии. В условиях быстрого развития церковной жизни в Прибалтике в 1865 году оно было переведено в состав Рижской епархии, а в 1920 году, после возникновения независимой Эстонской Республики, Ревельское викариатство стало самостоятельной епархией. Позднее в том же году святой Патриарх Тихон и Священный Синод Русской Православной Церкви даровали статус автономии Эстонской Православной Церкви.
В период с 1923 по 1940 год по политическим причинам Эстонская Православная Церковь находилась в юрисдикции Константинопольского Патриархата, затем она вновь возвратилась в состав Московского Патриархата и в настоящее время имеет статус Самоуправляемой Церкви, возглавляемой митрополитом Таллинским и всея Эстонии Корнилием.
То, что произошло в 1996 году, когда на канонической территории Московского Патриархата вопреки церковным канонам и многовековой традиции Церкви появилась параллельная юрисдикция Константинопольского Патриархата, что, к сожалению, сильно осложнило жизнь православных верующих. Дополнительные трудности связаны с тем, что при разделении церковного имущества не был соблюден принцип равноправия и справедливости. Константинопольская юрисдикция получила храмы и здания, которыми она сегодня распоряжается, в свою собственность, а Эстонская Православная Церковь Московского Патриархата доныне арендует те церковные здания, которые ей по праву должны принадлежать, поскольку они были построены руками верующих Русской Православной Церкви и на их средства; они неоспоримо являются наследием русского Православия в Эстонии.
За минувшие годы издавалась различная литература на тему данного конфликта. К сожалению, в ряде изданий содержались искаженные представления об истории Православия в Эстонии. Представляемая ныне книга, кроме исследовательской части, содержит второй том, представляющий собою сборник документов по истории Православия в Эстонии с 1917 по 2010 год.
Наряду с уже известными документами, здесь представлены ранее не публиковавшиеся документальные свидетельства из Эстонского исторического архива, архивов Эстонской Православной Церкви, Московской Патриархии и Отдела внешних церковных связей Московского Патриархата. Среди них и документы, подробно освещающие события 1990-х годов.
Церковно-научный центр "Православная энциклопедия" провел очень большую исследовательскую работу, выполненную со всей фундаментальностью, свойственной этому церковному учреждению, в трудах которого принимают участие десятки и сотни ученых, в том числе и обладающих мировой известностью.
Хотел бы выразить надежду на то, что появление этого труда позволит заинтересованному читателю получить достоверную и документально подтвержденную картину того, что происходило и происходит в области церковной жизни на эстонской земле.
Надеюсь также, что издание этого труда внесет свою лепту в уврачевание ран, нанесенных телу эстонского Православия, и будет способствовать нахождению справедливых и взаимно удовлетворительных решений».
В заключение митрополит Иларион передал митрополиту Таллинскому и всея Эстонии Корнилию в дар первую часть из 300 экземпляров нового издания, которые будут по благословению Святейшего Патриарха Кирилла направлены в Эстонию, и выразил глубокую благодарность владыке Корнилию за его многолетнее жертвенное служение Православию на эстонской земле, которой он без остатка отдает всю свою жизнь.
В ответном слове митрополит Корнилий поблагодарил митрополита Илариона за прибытие в Эстонию и выступление на презентации. Предстоятель Эстонской Православной Церкви Московского Патриархата обратил внимание на недостаточную известность в эстонском обществе истории эстонского Православия и его многовековых связей с Русской Православной Церковью, запечатлевшихся, в том числе, и в истории святых, просиявших как в Эстонии, так и в России. Преодолению этого недостатка поможет представляемое ныне издание, отметил митрополит Таллинский и всея Эстонии Корнилий.
Далее с сообщениями о материалах и документах, содержащихся в двухтомнике, о задачах предпринятого издания выступили его редакторы: руководитель Церковно-научного центра «Православная энциклопедия» С.Л. Кравец и заместитель председателя Отдела внешних церковных связей Московского Патриархата протоиерей Николай Балашов.
На презентации, ведущим которой был член Синода Эстонской Православной Церкви С.Г. Мянник, присутствовали епископ Нарвский Лазарь, Чрезвычайный и Полномочный Посол Российской Федерации в Эстонии Ю.Н. Мерзляков и советник-посланник Посольства России А.Б. Яшкин, временный поверенный в делах Республики Беларуси в Эстонии В.И. Лазерко, депутаты Парламента Эстонии Д. Бородин, В. Вельман и В. Корб, старейшины управ города Таллина, клирики Эстонской Православной Церкви Московского Патриархата, многочисленные представители церковной и научной общественности Эстонии, христианских общин страны, дипломатического корпуса.