В 1993 году Институт истории Церкви Львовской богословской Академии (ныне — Украинский Католический Университет) совместно с Институтом исторических исследований Львовского национального университета имени Ивана Франка начал издание научного сборника «Ковчег». Издание получило высокие оценки в научной среде. Первый номер разошелся тиражом в пять тысяч экземпляров. Однако второй выпуск сборника удалось подготовить лишь в 2000 году. Институт истории Церкви принял решение издавать «Ковчег» в формате ежегодника. В журнале созданы постоянные рубрики («Памятники церковно-исторической мысли», «Статьи», «Историография», «Документы и материалы», «Дискуссии», «Рецензии и обзоры» и др.), в которых публикуются исторические источники, переводы и оригинальные исследования, результаты научных проектов Института истории Церкви, материалы семинаров и конференций, организованных Институтом. Хотя содержание журнала определяется стремлением редакции осуществлять строго научные исторические публикации, в «Ковчеге» отводится место и освещению актуальных дискуссионных тем: экуменическое движение, социология современной религиозной жизни в Украине, история церковного искусства. Редколлегия стремится сделать журнал форумом обмена мнениями, конструктивной критики и творческого сотрудничества между отдельными институтами и учеными. Издатели видят свою цель в исследовании истории христианства в Украине в контексте исторического опыта Вселенского христианства, преодолении стереотипов конфессиональной историографии и антицерковной пропаганды, создании атмосферы толерантности и взаимоуважения как важнейших факторов общехристианского примирения.К сотрудничеству в издании активно привлекаются зарубежные авторы. Все материалы публикуются на украинском языке. При этом редакция принимает и статьи на иностранных языках, которые для публикации переводятся на украинский язык.На Официальном Интернет-сайте Института истории Церкви (http://www.ichistory.org.ua) размещен полный текст публикаций первого номера «Ковчега», а также резюме последующих выпусков.